Asesino Ninja revela la historia de Raizo, uno de los más mortales asesinos del mundo. Sacado de las calles cuando era sólo un niño, se ha transformado en un mortífero luchador del Ozunu Clan, una sociedad secreta cuya existencia mítica es un secreto a voces. Perseguido por la despiadada ejecución de uno de los miembros del clan, Raizo se libera de ellos y desaparece. Y ahora, prepara su venganza.